Il tratto gastrointestinale dell’uomo è una delle più competitive nicchie ecologiche presenti in natura, abitata da un complesso sistema di microrganismi – definito microbiota – che svolgono un ruolo determinante sullo stato di salute dell’ospite. Numerosi fattori possono influire negativamente sulla composizione e la funzione del microbiota intestinale, favorendo l’insorgenza di un insieme di condizioni patologiche che vanno da stati infiammatori cronici, a sindromi metaboliche, gastrointestinali, malattie immunologiche e neuropsichiatriche.

Un potente strumento per lo studio tassonomico, fisiopatologico e funzionale del microbiota è stato fornito dall’introduzione di tecniche di sequenziamento di nuova generazione che consentono di effettuare, simultaneamente ed in tempi brevi, analisi massive di un ampio spettro di raggruppamenti batterici. La tipizzazione delle comunità microbiche intestinali fornisce le basi per permettere lo sviluppo di strategie preventive e terapeutiche altamente personalizzate, finalizzate al mantenimento e/o al recupero di un profilo sano, nel rispetto della sinergia tra la genetica dell’ospite e la genetica dei microrganismi.